حذرت إحدى الدراسات من الاستخدام الروتيني العشوائى ل غسول الفم المضاد للبكتيريا مع عدم التخلي عنه تمامًا، ولذلك الحفاظ على نظافة الفم الجيدة أمراً ضرورياً، ولكن هناك خمس سلبيات لاستخدام غسول الفم وهما كالتالى:
١- تهيج القروح في الفم: يمكن أن تؤدي غسولات الفم إلى تهيج القرحة.
٢- إخفاء رائحة الفم الكريهة، وزيادة رائحة الفم الكريهة: وذلك عن طريق نشر شعور زائف بصحة جيدة، حيث يمكن للمرء أن يتخطى تنظيف الأسنان بالفرشاة مؤقتًا، حيث تنبعث منه رائحة طيبة مما يؤدي إلى سوء نظافة الفم.
٣- داء السكري وغسولات الفم: حيث فحص الباحثون الصلة بين الإصابة ب مرض السكري واستخدام غسول الفم، ووجدوا أن مستخدمي غسول الفم المتكرر (مرتين يوميًا أو أكثر) كانوا أكثر عرضة بنسبة 55٪ للإصابة ب مرض السكري أو ارتفاع نسبة السكر في الدم بشكل خطير في غضون ثلاث سنوات.
٤- جفاف الفم: إن بعض أنواع غسول الفم التي تحتوي على الكحول تجفف الفم بعد النوبة الأولى من النضارة، وهذا في الواقع يزيد من سوء رائحة الفم الكريهة.
٥- ارتباط بالسرطان: تم ربط غسول الفم أيضًا بسرطان الفم ويحتدم الجدل دون إجابة قاطعة.