حذرت دار الإفتاء من عادة ختان الإناث على صفحتها الرسمية قائلة: "الممارسة المعروفة بـ "ختان الإناث"، محرَّمة شرعًا ومجرمة قانونًا، ولا يجوز الإقدام ولا الإعانة عليها بحال من الأحول".
قالت الدار إن ختان الإناث ومسئولية الطبيب الذي يقوم به محرَّم شرعًا ومُجرَّم قانونًا، ولا يجوز الإقدام ولا الإعانة عليه بحال؛ لثبوت ضرره الطبِّي والنفسي والاجتماعي الجسيم؛ ومن ثم يحْرُم الإقدام على ممارسته من قِبل الطبيب أو غيره أو الإعانة عليها.
وقالت الإفتاء إن خلاصة القول في هذه المسألة بعد دراسة النصوص الشرعية التي تناولتها والرجوع إلى الأطباء المختصين هي أن ختان الإناث إنما هو من قبيل العادات وليس من قبيل الشعائر، ولقد جزم الأطباء بضررها، فأصبح من اللازم القولُ بتحريمها، وعلى الذين يعاندون في هذا أن يتقوا الله سبحانه وتعالى، وأن يعلموا أن الفتوى تتصل بحقيقة الواقع، وأن موضوع الختان في حق الإناث قد تغير وأصبحت له مضارُّ كثيرة: جسدية ونفسية؛ مما يستوجب معه القولَ بحرمته والاتفاق على ذلك، دون تفرقٍ للكلمة واختلافٍ لا مبرر له. إن المطَّلع على حقيقة الأمر لا يسعه إلا القولُ بالتحريم.