باعتبارها أحد أهم أذرع الدولة المصرية فى مد جسور التنمية للأشقاء الأفارقة، نفذت وزارة الرى والموارد المائية، مشروعات تنموية دول حوض النيل، مقدمة الإمكانيات البشرية، والخبرات الفنية والمؤسسية فى إطار من التعاون الثنائى، وحققت نجاحات في ملف مشروعات التعاون الثنائي مع دولة كينيا.
تعتبر كينيا من أقدم دول حوض النيل الذى تم فتح مجال التعاون الثنائي معها من خلال مشروع حفر 180 بئر جوفي فى كينيا على 4 مراحل:
المرحلة الاولى، بعدد الابار 100، الثانية 30، الثالثة 20، الرابعة 30.
تم توقيع مذكرة تفاهم بين مصر ودولة كينيا في أغسطس 2016 لمشروع إدارة تطوير الموارد المائية وتتضمن الأنشطة إنشاء عدد من سدود حصاد مياه الأمطار للاستفادة من مياه الأمطار وتخزينها في أوقات الجفاف واستخدمها لتوفير مياه الشرب للإنسان والثورة الحيوانية، بالإضافة الى مشروع حفر الأبار الجوفية لتوفير مياه الشرب النقية للمواطنين ، ومشروع تطوير نظم الري الحديث في احدى المزارع، بالإضافة الى التدريب وبناء القدرات.
قام وفد خبراء من قطاع مياه النيل ومعهد بحوث المياه وقطاع المياه الجوفية بزيارة الى دولة كينيا فى مارس 2017 للتباحث حول سبل تعزيز التعاون الثنائى بين البلدين .