صاحب مسجد الخضيري هو الشيخ سليمان الخضرى، أحد أبرز علماء عصره والتف حوله الطلاب إلى أن وصل عددهم إلى 500 طالب، فقرر بناء زاوية لتدريس العلوم فيها.
و الشيخ الخضرى ينتهى نسبه إلى الزبير بن العوام ـ أحد صحابة الرسول صلى الله عليه وسلم ـ و كان عفيف النفس، مسموع الكلمة، احتشد حوله الناس لمعرفة أمور دينهم ودنياهم.
وكان أحمد نجل الشيخ الخضيرى مثل والده، حيث قدم الكثير من أعمال الخير، وكان شديد الحرص على مساعدة الفقراء، و قام بتطوير الزاوية التى كان يدرس فيها والده، إلى مسجد كبير، يعرف حتى اليوم بمسجد الخضيرى.
وسط المسجد صحن صغير يحيط به من ثلاث جهات رواق واحد قائم على أعمدة بعضها من الرخام والآخر من الحجر، أما إيوان القبلة فيوجد به صفان من الأروقة. وأرض الجامع مفروشة بالحجر وسقفه مغطى بالخشب المزخرف بالنقوش الزيتية ويحيط بأعلى الجدران وزرة خشبية مكتوب عليها " أنشأ هذا المسجد أبو العباس أحمد الخضيرى " ويوجد ضريح الشيخ سليمان تجاه باب الوسط عليه قبة ومقصورة من الخشب وبداخل المقصورة قبر ابنه الشيخ أحمد وقبر السيد حمزة الخضيرى ومقصورة ثانية صغيرة بها قبر السيد تاج الدين. والضريح عبارة عن حجرة صغيرة مربعة الشكل في أركانها الأربعة مقرنصات صغيرة حولت المربع إلى شكل ثمانى وأقيمت فوقه رقبة مثمنة كثيرة الارتفاع فتحت بها أربع نوافذ للإضاءة ثم أقيمت فوقها قبة صغيرة.
والمسجد ملئ بالدواليب الحائطية يضع بها المجاورون حاجياتهم. وفي النهاية الغربية لإيوان القبلة توجد دكة المبلغ وهي قائمة على عمودين وتحتها إزار خشبى كتبت عليه أبيات من الشعر في مدح السادة الخضيرية، وتحت الإزار بلاطات من القيشانى التركي الجميل. وبجوار الضريح في إيوان القبلة توجد خزانة للكتب بجوارها باب يسمى باب القبة نسبة إلى قبة الضريح يوصل إلى سطح المسجد. ويوجد بجدران المسجد الأربعة من أعلى نوافذ مملوءة بالجص والزجاج المتعدد الألوان، أما النافذة التي تعلو المحراب فمملوءة بالخشب الخرط. وفي وسط جدار القبلة يوجد المحراب وقد كتب أعلاه قوله تعالى: " كلما دخل عليها زكريا المحراب وجد عندها رزقا". وعلى يسار المحراب توجد خلوة صغيرة تسمى المعبد.