منذ عام ٩٨٩ميلادية، رأى العزيز بالله الفاطمي، خامس الخلفاء الفاطميين، أن جامع الأزهر الشريف، لم يعد لديه قدرة على استيعاب المزيد من المُصلين والدارسين، لذلك بدأ يفكر في بناء مسجد جديد، ولكن عملية البناء توقفت بوفاته، قبل أن يستكملها ابنه "الحاكم بأمر الله"، الخليفة الفاطمي السادس
تم افتتاح المسجد عام 1012 ميلادي، وسمي على اسم الحاكم، وفي عام 1013 ميلادي، أصدر الحاكم بأمر الله قراراً بتحويل المسجد إلى "جامع" يُدَرَّسْ فيه الفقه، ليساعد جامع الأزهر الشريف في استيعاب الدارسين والمصليين.
يعتبر جامع الحاكم بأمر الله رابع أقدم المساجد الجامعة الباقية بمصر، وثاني أكبر جوامع القاهرة اتساعا بعد جامع أحمد ابن طولون.
يقع الجامع بنهاية شارع المعز لدين الله الفاطمي بحي الجمالية بجوار باب الفتوح. حيث كان المسجد وقت تشييده خارج أسوار القاهرة القديمة التي شيدها جوهر الصقلي، ثم أصبح داخل حدود المدينة بعد أن قام بدر الجمالي (480هـ/ 1087م) بتوسعة المدينة وتشييد الأسوار الحالية
وبعد خمس سنوات من الترميم أعيد افتتاح المسجد الأثري ليشكل إضافة قوية لآثار مصر الإسلامية في منطقة القاهرة التاريخية والتي تتميز بمكانتها ودورها السياحي الهام حسبما أكد وزير السياحة والآثار أحمد عيسي خلال مراسم افتتاح المسجد.
مشروع ترميم المسجد وإحيائه جرى بالتعاون مع طائفة البهرة الإسماعيلية، وتحت إشراف قطاعي المشروعات والآثار الإسلامية والقبطية واليهودية بالمجلس الأعلى للآثار والإدارة العامة للقاهرة التاريخية بتكلفة 850 مليون جنيه