اختلفت الآراء حول سبب تسمية الأزهر بهذا الاسم، فذهب عدد كبير من الباحثين إلى أنه مستمد من لفظ "الزهراء" لقب السيدة فاطمة ابنة النبي ﷺ، وهي التي يُرجع الفاطميون نسبتهم إليها.
ونشر الجامع الازهر على صفحته الرسمية بموقع "فيسبوك"، سبب تسمية الأزهر بهذا الأسم، وقال : "رأى آخرون أن التسمية ربما جاءت من (القصور الزاهرة) التي بناها الفاطميون بمدينة القاهرة، والتي كانت على مقربة من الجامع".
وتابع: "هناك رأي ثالث يرى أنه من الممكن أن تكون التسمية قد جاءت تفاؤلًا بما سيكون للأزهر من الشأن الكبير في ازدهار العلوم فيه. وهناك رأي رابع يقول إن الأزهر سمي بذلك؛ لأنه جرت العادة عند الفاطميين أن يطلقوا على منشآتهم الدينية أسماءً تَيَمُّنِيَّةً على صيغة أفعل التفضيل، فأطلقوا على جامع الحاكم اسم (الأنور)، وعلى جامع الظافر اسم (الأفخر)، وعلى جامع الآمر بأحكام الله اسم (الأقمر)، فَجَرْيًا على هذه القاعدة أطلقوا على جامع القاهرة اسم (جامع الأزهر) .
وختتم : "خلاصة القول؛ ليس هناك رأي قاطع في سبب تسمية الأزهر بهذا الاسم، وإن كانت أغلب الآراء تؤيد الرأي الأول الذي يربط بين اسم الجامع واسم السيدة فاطمة الزهراء رضي الله عنها".