تعمل الهيئة العامة للعناية بشؤون المسجد الحرام و المسجد النبوي على جودة البيئة داخل البيت العتيق من خلال أخذ عينات مختلفة لمعاينتها وتحليلها ورصد الملاحظات - إن وجدت - عن طريق مختبر متخصص في ذلك.
وتقوم الهيئة بفحص 80 عينة يوميًا، يتم أخذها من داخل المسجد الحرام بهدف التأكد من جودة الهواء، ونظافة الأسطح، وسلامة ماء زمزم، والتمور والأغذية التي يتم توزيعها على القاصدين والزوار، للمحافظة على سلامتهم، وتوفير بيئة صحية آمنة، حيث يتم أخذ العينات، وعمل الفحوصات المخبرية (الكيمياء التحليلية، والأحياء الدقيقة، والفيزيائية)، داخل مختبر الأوبئة بالمسجد الحرام، ويتم تحليل (50) عينة من ماء زمزم، و (20) عينة للتمور والمواد الغذائية، و (10) عينات للأسطح، إضافة إلى التحقق من جودة الهواء.
ويعتمد المختبر على ثلاثة أنواع تحليلية لتحقيق أعلى معايير الجودة، منها التحاليل المايكروبيولوجية والتحاليل الكيميائية والتحاليل الفيزيائية ويتم الفحص الميكروبي من خلال استخدام جهاز قياس نسبة التلوث (المسح الفوري).
وتتم مراقبة ماء زمزم، وجودة التمور والأغذية، التي يتم توزيعها في المسجد الحرام، وأعمال تنظيف وتعقيم السجاد، وفاعلية مواد النظافة والمطهرات المستخدمة في تنظيف الأسطح والأرضيات، حيث يتم أخذ مسحات من السجاد، وأسطح المشربيات، والسلالم الكهربائية، ودواليب وأرفف المصاحف، والحواجز البلاستيكية، والأبواب، وغيرها من الأسطح، وعينات من جميع مصادر مياه زمزم (المشربيات، ونقاط التعبئة، والخزانات، ومحطات تبريد زمزم).
ودعت الهيئة قاصدي المسجد الحرام إلى الالتزام بتعليماتها في مجال الصحة العامة من خلال شرب ماء زمزم بالكاسات المخصصة ووضع الكاسات المستخدمة في النفايات وعدم إرجاعها مكانها وتعقيم اليدين من خلال أجهزة التعقيم الموجودة في مداخل المسجد الحرام وارتداء الكمامة.