باعتبارها أحد أهم أذرع الدولة المصرية فى مد جسور التنمية للأشقاء الأفارقة، نفذت وزارة الرى والموارد المائية، مشروعات تنموية دول حوض النيل، مقدمة الإمكانيات البشرية، والخبرات الفنية والمؤسسية فى إطار من التعاون الثنائى، وحققت نجاحات في ملف مشروعات التعاون الثنائي مع دولة بوروندي.
يتم إيفاد الطلبة والدارسين للحصول على دبلوم الموارد المائية المشتركة من كلية الهندسة - جامعة القاهرة أو الدبلومات التي تعقد بالمركز القومي لبحوث المياه سنوياً.
تم توقيع اتفاق التعاون بين البلدين في مجال الموارد المائية والري في 24 مارس 2021 لتنفيذ مشروع الإدارة المتكاملة للموارد المائية والذى يشمل الدعم الفني لاعداد دراسة فنية لإنشاء وصيانة شبكة المصارف الخاصة لمياه الأمطار داخل المدن والقرى في بوروندي ودراسات فنية لدراسة عمل مشروع تخطيط وتنمية إدارة الموارد المائية بدولة بوروندى.