يعد مشروع المتحف الآتوني أحد أكبر مشروعات المتاحف المصرية، وأيقونة محافظة المنيا، حيث تبلغ مساحتة الإجمالية حوالي 25 فدانا.
ويشمل المبنى الرئيسي الذي يضم 14 قاعة عرض دائم، ومسرح، ومركز للمؤتمرات، ومكتبة علمية، بالإضافة إلى منطقة الخدمات السياحية ومنها مباني الكافيتريات والبازارات، والمراسي النيلية، والممشى السياحي على النيل بطول ٦٠٠ متر.
ومعبد آتون الصغير هو معبد لآتون يقع في مدينة تل العمارنة المصرية القديمة إنه أحد المعبدين الرئيسيين في المدينة، ويُعرف في الأصل باسم حوت-آتن أو قصر آتون، ربما تم بناؤه قبل المعبد الكبير الأكبر.
بدأ العمل بمشروع المتحف عام 2004، وقد تم اختيار أكثر من موقع لبناء المتحف إلى أن تم تخصيص الموقع الحالي على الضفة الشرقية للنيل أمام مدينة المنيا.
ويعتبر المتحف الآتوني أحد أكبر المشروعات الثقافية والأثرية في محافظة المنيا وصعيد مصر بالكامل حيث يتميز بكونه يعني بفترة تاريخية من أهم الفترات التاريخية في مصر القديمة وهي فترة العمارنة ويعتبر من المتاحف التي تربط المواقع الأثرية بالمتاحف، كما له أهمية في رفع الوعي السياحى والأثري لدى أهالي المنيا ودوره في التنمية السياحية لمحافظة المنيا حيث أن افتتاحه سوف يكون إضافة كبيرة تساهم في وضع محافظة المنيا على خريطة السياحة العالمية وخاصة في ظل ما تتمتع به هذه المحافظة من مقومات سياحية وأثرية عظيمة.
تضم القاعات الخاصة بالمتحف قاعة " المنيا عبر العصور" والتي من المقرر أن يتم تخصيصها لعرض تاريخ المنيا منذ أقدم العصور وحتى العصر اليوناني الروماني، بالإضافة إلى باقي قاعات العرض والتي سوف تخصص لسرد تاريخ فترة ما قبل العمارنة وفترة العمارنة وفلسفة الملك إخناتون في الترسيخ للديانة الآتونية، وفن العمارنة والذي يعتبر من الفترات المتفردة في الفن المصري القديم.