لفتت نظره من المرة الأولى التى رآها بها، حركت داخله ما هو أعمق من بشرتها السمراء، وأجمل من ملامحها الحقيقية التى لم تلمسها مساحيق التجميل، عشق فيها ما عجزت مئات الفتيات عن امتلاكه، رأى فيها العقل المستنير والرؤية المستقلة، الآراء الصريحة الجريئة، الفتاة القوية التى حملت تقاليد الصعيد الصارمة وتسامح المسيح بداخلها، ليكونا معا علاقة هى الأقوى حتى الآن فى الوسط الفنى والثقافى.
المسرح كان صاحب كلمة البداية فى قصة حب يحيى ولميس، ففى إحدى المرات التى كان يقف فيها الفخرانى على المسرح، ترك خشبته وخرج غاضبا ورفض استكمال العرض، اعتراضا على خطأ لا دخل له فيه، لكنها حاصرته وامتصت غضبه وهدأت ثورته، وأقنعته بالعودة إلى خشبة المسرح ومواجهة الجمهور الذى ينتظره دون الالتفات إلى ذلك الخطأ، وبالفعل عاد واستمع إلى تصفيق الجمهوره الذى حياه على أدائه المميز.
توطدت العلاقة بينهما فى أثناء دراستهما معا فى كلية الطب بجامعة عين شمس على مدار 6 سنوات، أصبحا خلالها أصدقاء مقربين ونمت بينهما مشاعر من نوع خاص، لتنضج المشاعر بينهما وتأخذ منحنى مختلفا، وتنشأ علاقة حب تجاوز عمرها 50 عاما، تحديا فيها المجتمع وتقاليده التى ترفض اقتران فتاة مسيحية بشاب مسلم، لكن ذلك لم يوقف الحب بينهما، الذى استمر وتحدى الجميع فى إطار حياة زوجية ناجحة، اكتملت بابنيهما شادى وطارق، و4 أحفاد، اثنان منهما تم تسميتهما تيمنا بالأجداد "يحيى" و"لميس".
وأكدت الدكتورة لميس جابر، أنها عانت فى بداية زواجها من الفنان الكبير يحيى الفخرانى بسبب فضول ونظرات الناس، قائلة: «الكل كان عايز يشوف يحيى الفخرانى متجوز مين».
وأضافت «لميس» خلال حوار تليفزيونى أن الفنان يحيى الفخرانى لم يطلب منها على الإطلاق أن تدخل الإسلام ليتزوجها، مؤكدة: «بقيت على مسيحيتى وتعلمت الدين الإسلامى لأعلمه لأبنائي»، مشددة على أنه يجب على الجميع أن يحترموا عقيدة الآخر حتى لو لم يعلم عنها شيئاً، فأنا لست مؤمنة بما يسمى حوار الأديان، وأؤمن بأن الأديان خلقت لإسعاد البشر فإذا تحولت إلى سيف على رقابهم يكون العيب فى الناس».
وتحدث الفخرانى عن زوجته الدكتورة لميس جابر قائلًا "إن لميس تصوم رمضان معى وأبنائى ولا حرج من ذلك، فهى تحترم كافة الطقوس الدينية الإسلامية وتحرص على إعداد كل أنواع الطعام الذى أحبه أنا وأبنائى وأحفادى".
كما تحدث عن آرائها السياسية، قائلًا: « لميس تتحدث بشكل تلقائى واندفاعي، ولا تخاف ولا تهدف لشيء، وقد أنجح فى أن أوقفها عن التحدث لفترة، لكنها لا تستطيع الصمت كثيرا، وأنا بصراحة خايف عليها».
وحينما طلبوا من الفخرانى أن يوجه كلمة لزوجته، قال : «ليس بيننا كلام.. إنها عشرة عمرى منذ أربعين عاما، وأصبحت أنا وهى شخصا واحدا».