اشتملت المرحلة الثانية لمشروع الأمير محمد بن سلمان لتطوير المساجد التاريخية على تجديد مسجد الجامع في مدينة ضباء بمنطقة تبوك، كونه أحد أقدم المساجد التاريخية ورمزا تراثيا في المنطقة، وذلك في إطار سعي المشروع إلى تعزيز الحضارة الإسلامية للمملكة وإعادة الحياة إلى مواقع لها أثر تاريخي واجتماعي في تشكيل محيطها البشري والثقافي والفكري، واستعادة الدور الديني والثقافي والاجتماعي للمساجد التاريخية عبر المحافظة عليها.
أن مشروع الأمير محمد بن سلمان لتطوير المساجد التاريخية سيجدد مسجد الجامع لتزيد مساحته إلى 972.23 م2، فيما سترتفع طاقته الاستيعابية إلى 779 مصليا، بعد تطويره بتقنيات حديثة وفق مجموعة من التدخلات المعمارية لتعيده إلى صورته الأصلية التي تكونت عند بنائه للمحافظة على هويته التاريخية، كما سيطور المشروع مسجد الجامع على طراز تأثر بالطابع المعماري للبحر الأحمر بتوظيف المواد الطبيعية، وهي الحجر والطين إضافة إلى القش (التبن)، فيما تستخدم الأخشاب في الرواشين والمشربيات التي تبرز في واجهات المباني.
ويعمل مشروع الأمير محمد بن سلمان لتطوير المساجد التاريخية على تحقيق التوازن بين معايير البناء القديمة والحديثة بطريقة تمنح مكونات المساجد درجة مناسبة من الاستدامة، وتدمج تأثيرات التطوير بمجموعة من الخصائص التراثية والتاريخية، في حين يجري عملية تطويرها من قبل شركات سعودية متخصصة في المباني التراثية وذوات خبرة في مجالها.