كشف الدكتور محمد الخشت، خلال كلمته في مؤتمر تجديد الخطاب الديني ب جامعة محمد بن زايد للعلوم الإنسانية بالإمارات عن أهم الأخطاء المنهجية والإبستمولوجية في علوم الدين التقليدية فقال أن من أبرزها الخلط بين المتن المقدس والمتن البشري، والخلط بين الإسلام والموروثات الاجتماعية، وعدم التمييز بين الإسلام والمسلمين، وعدم التمييز بين الأحاديث النبوية المتواترة والأحاديث الآحاد، وعدم التمييز بين قطعي الدلالة من النصوص وظني الدلالة، وعدم التمييز الإبستمولوجي بين اللا تاريخي (الثابت) والتاريخي (المتغير) في الأحكام الشرعية، وغياب العقلانية النقدية، والرؤية الأحادية للإسلام،، وقيام علم التفسير القديم على الصواب الواحد وليس على تعددية المعنى وتعددية الصواب.
وأوضح الدكتور الخشت، أنه تناول أسباب هذه الأخطاء المنهجية في كتابه "نحو تأسيس عصر ديني جديد"، وأن أهم هذه الأخطاء وجود بعض العقول المغلقة التي تقوم على منهجية نقلية وليس على منهجية عقلانية نقدية، بالإضافة إلى النظرة الأحادية والمتعصبة وعدم القدرة على الحوار الإيجابي المنتج، إلى جانب غياب دور العلم الاقتصادي في دراسة الظاهرة الدينية؛ لافتًا إلى أن الخطاب الديني التقليدي هو إنتاج لنمط الاقتصاد الرعوي المشكل للحياة والمحدد لأنماط العلاقة والتفاعل في الماضي.
ودعا الدكتور محمد الخشت، خلال مشاركته في المؤتمر، إلى ضرورة تطوير علوم الدين وليس إحياءها، مؤكدًا ضرورة تفكيك الخطاب البشري التقليدي، والبنية العقلية التي تقف وراءه وتأسيس خطاب ديني جديد، موضحًا أن النص الديني هو القرآن الكريم والسنة النبوية المتواترة، أما الخطاب الديني فهو عمل بشري في فهم القرآن والسنة ويمكن إعادة النظر فيه لكي نعيد بناء العلوم التي نشأت حول الدين مثل علوم التفسير والفقه وأصول الدين وعلوم الحديث هي علوم إنسانية، تقصد إلى فهم الوحي الإلهي، وكل ما جاء بها اجتهادات بشرية، ومن ثم فهي قابلة للتطوير والتطور