اشتملت المرحلة الثانية لمشروع الأمير محمد بن سلمان لتطوير المساجد التاريخية على تجديد مسجد العظام في محافظة العلا ب المدينة المنورة الذي يعود تاريخه إلى عهد النبوة، إذ يرجح النبي صلى الله عليه وسلم هو من حدد قبلته بعظام، أثناء طريقه إلى غزوة تبوك في السنة التاسعة للهجرة، حيث يعود سبب تسميته إلى هذه القصة.
مما أفاد أن المشروع سيجدد مسجد العظام على الطراز التراثي للمدينة المنورة على مساحة 773.34م2، وعند طاقة استيعابية تكفي 580 مصليا، حيث سيعيد المشروع بناءه باستخدام المواد الطبيعية من الطين والحجارة وأخشاب الأشجار المحلية، فقد بُني المسجد بالحجارة وجدرانه الداخلية مليسة بالطين، وقد مرت عمارة المسجد بعدة مراحل، إلى عهدنا الحاضر.
ويتميز بناء المسجد بأنه عمارة آخذة بالتطور وقادرة على التكيف مع المعطيات المناخية والطبيعية، وتستخدم الحجارة المقطوعة بتشكيلاتها وأحجامها المختلفة والمبنية بمونة الطين، إضافة إلى توظيف مكونات النخيل في بناء الأسقف كطبقة حاملة وعازلة، حيث سيعمل المشروع على توظيف هذه المواد، وتطوير الواجهات في المسجد.