فى إطار حرص القوات المسلحة على الإرتقاء بالمنظومة التعليمية داخل الكليات والمعاهد العسكرية ، حصلت كلية الطب ب القوات المسلحة على شهادة الأيزو ٢١٠٠١ لسنة ٢٠١٨ نظام إدارة الموسسات التعليمية الخاص بمراجعة كافة العمليات المتعلقة بجودة العملية التعليمية ، كما حصلت على شهاده الأيزو ٢٢٠٠٠لسنة ٢٠١٨ نظام إدارة سلامة الأغذية الخاص بمراجعة جميع العمليات الخاصة بتصنيع الأغذية،طبقا لمعايير ومتطلبات مواصفة الأيزو الدولية .
وفى ذات السياق قامت الكلية بتجديد شهادات الأيزو التى سبق الحصول عليها وهى الأيزو ٩٠٠١ لسنه ٢٠١٥نظام إدارة الجودة و الأيزو ١٤٠٠١ لسنه ٢٠١٥ نظام إدارة البيئة و الأيزو ٤٥٠٠١ لسنه ٢٠١٨نظام إدارة السلامة والصحة المهنية .
وأكد اللواء طبيب ايمن محمد شوقي مدير كلية الطب ب القوات المسلحة حرص القيادة العامة للقوات المسلحة على توفير الإمكانات لتطوير المنظومة التعليمية والبحثية داخل الكلية بما يمكنها من آداء مهامها فى تخريج أجيال من الضباط الأطباء فى كافة التخصصات تحقيقاً لروية مصر ٢٠٣٠ بتقديم تعليم ذو جودة متميزة فى مختلف التخصصات الطبية ومواكبة كل ماهو جديد في علوم الطب الحديثة .