تأسست كنيسة بربارة في أواخر القرن الرابع وأوائل الخامس الميلادي، وتقع كنيسة القديسة بربارة في منطقة بابليون وتحوي جسد تلك القديسة المباركة، وهي كنيسة جميلة وعريقة وذات قدسية خاصة واحترام وتقدير.
وجد المذبح خلف السدة وعلى يمين المذبح حائط ارتفاعه 4 أقدام وبه صندوق به جسد القديسة بربارة، حيث كان يسمح للزوار بلمس جسدها. تولى إدارتها أيضاً مسيحي الحزام، ثم الرهبان اليونانيين.
كانت بربارة فتاة بالغة الحسن، ولدت في إحدى مدن آسيا الصغرى في أوائل القرن الثالث الميلادي من أب ثري وثني يدعى ديوسقوروس، وتلقت علومها على يد العالم اللاهوتي المصري أورتجانوس، ثم اعتقنت الديانة المسيحية. ورفضت الزواج لتكريس حياتها لخدمة الديانة التي اعتنتقتها واستشهدت في عهد الإمبراطور الروماني ماكسيميانوس. على يد أبيها الوثنى
وقد تخربت الكنيسة في عصورها التالية ، فأعاد بناءها الوزير القبطي يوحنا بن الأبح سنة 1072م على عهد الخليفة المستنصر بالله.
بنيت واجهات هذه الكنيسة من الحجر والآجر معا. وهي ذات بناء مرتفع مستطيل الشكل طوله 26 متراً وعرضه 14.5 مترا وارتفاعه 15 مترا تقريبا. وكانت عمارته القديمة الأورثوذكسية الطراز عبارة عن صحن وجناحين تعلوهما شرفة للنساء، وثلاثة هياكل. غير أن هذا التخطيط قد طرأت عليه عدة تعديلات لاحقة أدت إلى ضم ذراعين متصلين في الشكل والمساحة لهذا التخطيط حتى يستكمل المبنى الكنسي شكل الصليب. وأحيط جزء من الجناح الشمالي مع كل الرواق بحائط ليمكن استخدامه كممر إلى الكنيسة وإلى حجرات المعيشة وليتحول الرواق إلى منظرة تماثل في عرضها عرض الصحن.
تبدأ العمارة الداخلية لهذ الكنيسة المنخفضة عن أرض الشارع بدهليز يلي المدخل الرئيسي، يفضي إلى صحن مغطى بسقف جمالوني خشبي، فرشت أرضيته ببلاطات حجرية، به في الناحية الجنوبية لقان (جرن) لغسل الأرجل يوم خميس العهد. وفي الناحية الشمالية منبر رخامي (أمبل). وعلى جانبي هذا الصحن جناحان أحدهما شمالي والآخر جنوبي يغطي كلا منهما سقف خشبي مسطح. وقد فرشت أرضية هذين الجناحين ببلاطات حجرية، وتفصلهما عن الصحن عشرة أعمدة رخامية ذات أبدان أسطوانية وتيجان كورنثية تقع في صفين تتصل ببعضها بواسطة إطارات خشبية ملونة.
تقع هياكل الكنيسة في الناحية الشرقية وتغطيها أنصاف قباب مرتفعة. وهي تتكوّن من هيكل رئيس أوسط مكرس على اسم القديسة بربارة يتقدمه حجاب من خشب الجوز الهندي تزينه أطباق نجمية تعد آية من آيات الفن الزخرفي المطعم بالصدف والعاج وفي وسطه مذبح رخامي حديث، تعلوه مظلة خشبية ترتكز على أربعة أعمدة رخامية، ويتصدر حائطه الشرقي محراب ذو سبعة جوانب سفلية تتجمع عند السقف على هيئة نصف دائرة.
يكتنف هذا الهيكل الرئيس هيكلان جانبيان يغطي كلا منهما سقف عبارة عن نصف قبة، أحدهما جنوبي مربع الشكل ذو أرضية من البلاطات الحجرية. وفي الحائط الشمالي خزانة صغيرة، بالإضافة إلى باب يفضي إلى قاعة تشتمل على مقصورة حديثة باسم القديسة بربارة، والآخر شمالي به باب يفضي إلى صحن كنيسة صغيرة مكرّسة على اسم القديسين أباكير ويوحنا، بها ثلاثة هياكل صغيرة تضم مذبحين حديثين.
أما الشرفة أو قسم النساء فإنها مفتوحة، وأن الحائط الداخلي مع الممرات المتصلة به يمثل إضافة لاحقة لهذه الشرفة. وكانت هناك هياكل أصلية حول هذه الشرفة لم يبق منها غير هيكل واحد في طرفها الشمالي يسمى هيكل مار جرجس، في داخله حامل أيقونات رائع من خشب الأرز تزينه أشكال حيوانات وطيور، بالإضافة إلى التفريعات النباتية المتداخلة والمتشابكة التي تعرف بالأرابسك.